原创

解决Bioconductor version cannot be validated

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背景

最近新电脑,安装R包有的需要使用BiocManager进行安装。过去使用BiocManager安装R包就是手到擒来,轻轻松松。但是这次装个R包居然遇到了很多困难。

报错内容

这次的报错主要是:

Error: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?  See #troubleshooting section in vignette

解决方案

在安装前运行一句代码:

options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)

这个是设置了:让Bioconductor通过联网去验证版本。
然后再安装R包即可。

安装R包模板

镜像设置

# 镜像设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

下载方式设置

options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")

安装R包

package=c("ggplot2", "BiocManager")
for (pkg in package) {
  if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)){
    install.packages(pkg)
  }
}

options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=T)
bioc_package = c('ChIPQC','ChIPseeker','DiffBind','clusterProfiler','AnnotationDbi','TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene','org.Hs.eg.db')
for (pkg in bioc_package) {
  if (!requireNamespace(pkg, quietly = TRUE)){
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
  }
}

永久保存镜像设置
为了更方便的安装R包,不用每次都进行设置。R软件其实有一个配置文件,以我的电脑为例:

R版本:4.3.2
R的安装地址:C:\Users\haish\R\R\R-4.3.1
这样的话,其对应的配置文件地址就在:C:\Users\haish\R\R\R-4.3.1\etc\Rprofile.site

我们用记事本打开这个文件,然后在文件最后添加以下代码:

## 设置镜像
local({r <- getOption("repos")
     r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
     options(repos=r)}
     )
# options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE)

## 设置下载方式
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")

这样以后我们一旦打开R软件,这些代码就会自动运行一次,我们就可以愉快的安装R包了。

正文到此结束
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