Linux环境安装R包Rglpk报错
温馨提示：
本文最后更新于 2024年02月22日，已超过 66 天没有更新。若文章内的图片失效（无法正常加载），请留言反馈或直接联系我。
背景
使用服务器的R语言，安装poppr包过程中，报错：
In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c:32:
vendor/cigraph/src/internal/glpk_support.h:39:10: fatal error: glpk.h: No such file or directory
39 | #include <glpk.h>
| ^~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [/data1/username/0030.software/python/3.8/envs/r-4.3.2/lib/R/etc/Makeconf:193: vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
其中主要是Rglpk包安装不上，原因是找不到共享的依赖。
搜了很多教程，有需要root管理员权限使用yum安装glpk的，秉承不随意使用root的原则，
接下来，我们以普通用户解决该问题。
解决方案
1.安装Glpk到用户目录，用于R依赖
cd ~
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/username/GLPK
make
make install
2.下载Rglpk包
cd /path/to/rpackages
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
tar xvf Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
3.让R可以识别到依赖
因为我的R安装是使用conda安装的，所以我先激活了环境。
移动文件，并设置变量，让R可以识别到依赖。
mamba activate r-4.3.2
mv /home/username/glpk-4.54 /path/to/rpackages/Rglpk/src/GLPK
export LD_LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export CPATH=/home/username/GLPK/include
接下来，命令行安装。
R CMD INSTALL Rglpk
安装完，Rglpk则可以正常使用，依赖于Rglpk的其他R包也可以正常安装了。
正文到此结束
- 本文标签： Linux R
- 本文链接： https://blog.voiceclouds.cn/article/96
- 版权声明： 本文由广州海琳信息技术有限公司原创发布，转载请遵循《署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际 (CC BY-NC-SA 4.0)》许可协议授权
热门推荐
关于我
海琳博客
海琳博客为信息化时代而生
