terra包加载报错解决
背景
最近要分析单细胞转录组学数据，使用monocle3包前需要安装一些依赖，其中包含terra包，使用conda环境安装后，加载时报错。
library(terra)
unable to load shared object '/share/Software/miniconda3/envs/r4-base/lib/R/library/terra/libs/terra.so':
/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.30' not found (required by /share/Software/miniconda3/envs/r4-base/lib/R/library/terra/libs/../../../../libgdal.so.31)
解决方案
1.
在网上搜索很多网页都是解决这个软连接的问题，但是尽管换好了，但是还是报相同的错误，最后通过conda环境安装了gcc12版本，解决了这个error。
conda install -c conda-forge gcc=12.1.0
2.
再加载terra，报新的错误：
unable to load shared object '/share/Software/miniconda3/envs/r4-base/lib/R/library/terra/libs/terra.so':
/lib64/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by /share/Software/miniconda3/envs/r4-base/lib/R/library/terra/libs/../../../.././libpng16.so.16)
这个时候就用到前面替换软连接的方案了，先去编译安装zlib对应版本，再去安装路径中lib中找到对应libz.so.1.2.9链接去需要的路径，代码如下。
cp /share/Software/zlib-1.2.9/libz.so.1.2.9 /lib64
rm /lib64/libz.so.1
ln -s /lib64/libz.so.1.2.9 /lib64/libz.so.1
3.
再加载terra，问题依旧未解决，这个时候我检查了链接支持的zlib版本
strings /lib64/libz.so.1 | grep ZLIB
是存在`ZLIB_1.2.9'的，我再conda命令行直接敲了R，运行进去可以加载terra，但是前面不能通过rstudio-server加载。退出rstudio-server重新进去，又可以加载了。
初步认为是因为rstudio-server在这一步未及时更新到软连接，在我命令行运行R后，相当于提醒他更新了软连接。再重新登录rstudio-server就可以检测到了。
这个原因或许也是前一步GLIBCXX_3.4.30软链接更新完没有作用的源头。（此处为猜测，待检验，如果有人测试ok，可以在评论区留言哈，谢谢。）
再加载terra，报新的错误：
/share/Software/miniconda3/envs/r4-base/lib/R/library/terra/libs/../../../../libgdal.so.31: undefined symbol: sqlite3_column_table_name
这一块是sqlite的编译问题，重新下载编译，代码如下
wget https://www.sqlite.org/2022/sqlite-autoconf-3390200.tar.gz
tar -xvf sqlite-autoconf-3390200.tar.gz
cd sqlite-autoconf-3390200/
vim sqlite3.c
#define SQLITE_CORE 1
#define SQLITE_AMALGAMATION 1
#ifndef SQLITE_PRIVATE
# define SQLITE_PRIVATE static
#endif
#define SQLITE_ENABLE_COLUMN_METADATA 1 //注意这行，需要添加，保存后退出
./configure
make
make install
再加载terra，一个小提醒，不算报错，但也是直接安装个R包codetools就解决了。至此，terra终于成功加载上了。
code for methods in class “Rcpp_SpatVectorProxy” was not checked for suspicious field assignments (recommended package ‘codetools’ not available?)
总之来说，一波三折，分享给大家。
- 本文标签： R
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